No âmbito do IFSul, a Pró-Reitoria de Ensino, seguindo a legislação específica, é a responsável direta pelo acompanhamento e aprovação de todas as ações do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação à Docência – PIBID. Encontra-se na liderança das ações de gestão frente ao programa o Coordenador Institucional que está, portanto diretamente ligado a PROEN.

O IFSul teve seu primeiro projeto submetido à edital da CAPES e aprovado, no ano de 2011. Atualmente o programa conta com uma estrutura composta por um Coordenador de Gestão, ligado diretamente a Coordenação Institucional e quatro subprojetos associados as Licenciaturas de Ciências Biológicas, Computação, Física e Química, cada um desses com seus respectivos Coordenadores de Área.

Além dessa estrutura interna o IFSul tem atualmente parceria com duas instituições da rede municipal de ensino da cidade de Pelotas/RS, o Colégio Municipal Pelotense e a EMEF Jornalista Deogar Soares. Nessas instituições o programa conta com supervisores que acompanham todas as atividades dos licenciandos de acordo com a Área de formação dos mesmos.

De forma esquemática a estrutura do Pibid/IFSul é a seguinte: